Sekretariat mempunyai tugas memberikan pelayanan di bidang administrasi penyelesaian sengketa pajak dan administrasi umum kepada Badan  Penyelesaian Sengketa Pajak.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada Pasal 2, Sekretariat menyelenggarakan fungsi:

Sekretariat terdiri dari:

b.

c.

d.

e.

Bagian administrai Sengketa Pajak Wilayah I;

Bagian administrai Sengketa Pajak Wilayah II;

Bagian Dokumentasi dan Yurisprudensi;

Sekretaris Pengganti sebanyak 20 orang.

Bagian Umum mempunyai tugas melaksanakan penyiapan program kerja dan pelaporan, serta pelayanan administrasi umum dibidang tata usaha, kepegawaian, keuangan, dan rumah tangga.

Dalam melaksanakan tugas sebagaiman dimaksud pada Pasal 5, Bagian Umum menyelenggarakan fungsi:

b.

c.

d.

pengurusan kepegawaian;

pengurusan keuangan;

pengurusan tata usaha, dan rumah tangga.

Bagian Umum terdiri dari:

b.

c.

Subbagian Keuangan.

Subbagian Tata Usaha dan Rumah Tangga

Bagian Adminitrasi Sengketa Pajak Wilayah I mempunyai tugas melaksanakan pelayanan di bidang administrasi penyelesaian sengketa pajak dalam wilayah I yang meliputi propinsi DKI Jakarta.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada Pasal 9, Bagian Administrasi Sengketa Pajak Wilayah I menyelenggarakan fungsi:

b.

c.

pengurusan tata usaha pelaksanaan sidang;

pengurusan tata usaha putusan sidang.

Bagian Administrasi Sengketa Pajak Wilayah I terdiri dari:

b.

c.

Subbagian Persidangan I;

Subbagian Putusan I.

Bagian Dokumentasi dan Yurisprudensi mempunyai tugas melaksanakan urusan dokumentasi, perpustakaan, hubungan masyarakat, serta menghimpun dan mengklasifikasikan putusan.

Dalam melaksanakan tugas sebagaimana dimaksud pada Pasal 17, Bagian Dokumentasi dan Yurisprudensi menyelenggarakan fungsi:

b.

hubungan masyarakat;

Bagian Dokumentasi dan Yurisprudensi terdiri dari:

b.

c.

Subbagian Hubungan Masyarakat;

Subbagian Yurisprudensi.

Sekretaris pengganti mempunyai tugas melaksanakan pelayanan administrasi pemeriksaan sengketa pajak selaku Sekretaris Sidang.

Dalam melaksanakan tugas, Sekretaris Wakil Sekretaris, Sekretaris Pengganti, para Kepala Bagian, dan Kepala Subbagian wajib menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi baik di lingkungan masing-masing maupun dengan organisasi lain di lingkungan Sekretariat serta instansi di luar Sekretariat sesuai dengan tugas pokoknya masing-masing.

Setiap pimpinan satuan organisasi wajib mengawasi pelaksanaan tugas bawahannya masing-masing dan apabila terjadi penyimpangan agar mengambil langkah-langkah yang diperlukan sesuai dengan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Setiap pimpinan satuan organisasi di lingkungan Sekretariat bertanggung jawab memimpin dan mengkoordinasikan bawahannya masing-masing dan memberikan bimbingan serta petunjuk bagi perlaksanaan tugas bawahannya.

Setiap pimpinan satuan organisasi wajib mengikuti dan mamatuhi petunjuk dan bertanggung jawab kepada atasannya masing-masing serta menyampaikan laporan berkala tepat pada waktunya.

Setiap laporan yang diterima oleh pimpinan satuan organisasi dari bawahan, wajib diolah dan dipergunakan sebagai bahan untuk menyusun laporan lebih lanjut dan memberikan petunjuk kepada bawahan.

Wakil Sekretaris, Para Kepala Bagian dan Sekretaris Pengganti menyampaikan laporan kepada Sekretaris dan Kepala Bagian Umum menampung laporan tersebut serta menyusun laporan berkala Sekretariat.

Dalam menyampaikan laporan masing-masing kepada atasan, tembusan laporan wajib disampaikan pula kepada satuan organisasi lain yang secara fungsional mempunyai hubungan kerja.

Dalam melaksanakan tugasnya setiap pimpinan satuan organisasi dibantu Kepala satuan organisasi di bawahnya dan dalam rangka pemberian bimbingan kepada bawahan masing-masing wajb mengadakan rapat berkala.

Perubahan atas susunan organisasi dan tata kerja menurut keputusan ini ditetapkan oleh Menteri Keuangan setelah terlebih dahulu mendapat persetujuaan tertulis dari Menteri yang bertanggung jawab di bidang pendayagunaan aparatur negara.