Peraturan ini dibuat untuk menjamin keadilan dan kepastian hukum dalam pelaksanaan hak dan kewajiban perpajakan bagi pengusaha kena pajak yang menyerahkan pupuk bersubsidi di sektor pertanian. Peraturan sebelumnya (PMK Nomor 62/PMK.03/2015) dianggap belum memadai sehingga perlu diganti untuk menyesuaikan ketentuan perpajakan sesuai Undang-Undang Nomor 8 Tahun 1983 dan perubahan terakhirnya.